Ближайший к Шаффхаузену аэропорт находится в Цюрихе: в среднем 40 минут на поезде. Уточнить расписание можно на сайте Швейцарских железных дорог. В общем случае прямо из цюрихского аэропорта каждый час отправляется по несколько поездов в Шаффхаузен, где есть железнодорожный вокзал. Поездка, в зависимости от того, на каком поезде она будет проходить, по времени займёт 30-60 минут. Проезд 2-ым классом в одну сторону стоит от 18 до 23 франков. Посмотреть расписание и купить билеты можно на сайте железной дороги Швейцарии www.sbb.ch.

В Шаффхаузене есть железнодорожный вокзал. Город соединён железнодорожной линией из Цюриха до Ульма в ФРГ. На центральной станции можно купить билеты в кассах швейцарских железных дорог, а также немецких DB (Deutsche Bahn). Одна из линий соединяет город с близлежащим Рейнским водопадом в Нойхаузене-ам-Райнфалль, крупнейшим водопадом Европы и туристической достопримечательностью.

Есть один важный момент, который желательно учитывать при покупке железнодорожных билетов до Шаффхаузена: их лучше брать до станции Neuhausen am Rheinfall, ближе всего расположенной к Рейнскому водопаду. От центрального вокзала Шаффхаузена к ней ехать всего 3 минуты (идти пешком 40 минут), при этом стоимость билета остаётся такой же. Но если конечная станция – главный вокзал Шаффхаузен, то до Нойхаузена, рядом с которым находится водопад, билет нужно будет покупать отдельно.


Общественный транспорт представлен автобусами, троллейбусами и поездами S-Bahn (городские электрички). Билет действует и для поездов S-Bahn, следующих до Рейнского водопада (время в пути от центрального железнодорожного вокзала — 3 минуты.).  

В Шаффхаузене и соседнем городе Нойхаузен-ам-Райнфалль есть городская автобусная сеть из 8 линий, включая троллейбусную систему Шаффхаузена (линия 1). С 2019 года остальные линии (3–9) обслуживаются автобусами на аккумуляторных батареях (Irizar) и автобусами на дизельном топливе. Все маршруты, кроме линии 9, останавливаются на железнодорожной станции Шаффхаузен. Маршрут 9 останавливается на железнодорожной станции Херблинген. В выходные дни после полуночи курсируют ночные автобусы (обозначаются как N#). Городские автобусные маршруты, обслуживаемые компанией Verkehrsbetriebe Schaffhausen (vbsh), следующие: Маршрут 1 Herbstacker – Neuhausen Zentrum – железнодорожная станция Шаффхаузен – Эбнат – Waldfriedhof 3 Sommerwies – Schutzenhaus – железнодорожная станция Schaffhausen – Krummacker 4 Birch – Schutzenhaus – железнодорожная станция Schaffhausen – Gruben 5 Железнодорожная станция Schaffhausen – Falkeneck – Айнкауфсентрен – Шлоссвайер 6 Бухтален – Шиффланде – Рибади / IWC – Железнодорожная станция Шаффхаузен – Кантонспиталь – Фалькенек 7 Нойхаузен SBB – Нойхаузен Центрум – Шютценхаус – Железнодорожная станция Шаффхаузен 8 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Шиффланде – Им Фрайен 9 Эбнат – Кинеполис – Железнодорожная станция Херблинген – Железнодорожная станция Айнкауфсентрен N1 Шаффхаузен – Шютценхаус – Риет – Зоммервис – Нордштрассе – Железнодорожная станция Шаффхаузен N2 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Гайсберг – Пильгервег – Грефлер – Круммакер – Швейцерсбильд – CILAG – Железнодорожная станция Шаффхаузен N3 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Мюлентор – Шиффланде – Бухтален – ru – Никлаузен – Кинеполис – Эбнат – железнодорожная станция Шаффхаузен N4 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Мюлентор – Центр Нойхаузена – Кройцштрассе – Хербштекер – Хофлю – Висли – железнодорожная станция Шаффхаузен.

Кроме того, существует несколько региональных автобусных маршрутов, которые связывают Шаффхаузен с деревнями в кантоне Шаффхаузен, кантоне Цюрих и близлежащей немецкой территорией. Региональные автобусы 21–25, маршруты 630 и 634, а также ночные автобусы (обозначенные N#) отправляются от привокзальной площади железнодорожного вокзала Шаффхаузена: Оператор маршрута 21 Железнодорожный вокзал Шаффхаузена – Нойхаузен – Беринген – Лёнинген – Зиблинген – Шляйтхайм – Беггинген vbsh 22 Железнодорожный вокзал Шаффхаузена – Хемменталь vbsh 23 Железнодорожный вокзал Шаффхаузена – Мерисхаузен – Барген vbsh 24 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Штеттен – Лон – Бюттенхардт – Опфертсхофен – Альтдорф – Хофен – Биберн – Тайнген (– Барцхайм) vbsh 25 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Бюзинген – Дёрфлинген – Рандегг – Мурбах – Бух – Рамзен vbsh 630 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Фойертален – Флюрлинген – Увизен – Бенкен – Мартален Postauto 634 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Фойертален – Флюрлинген – Увизен – Даксен – Замок Лауфен-на-Рейнфале Postauto N76 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Фалькенек – Шлоссвайер – Тайнген, Хюттенлебен – Железнодорожная станция Тайнген – Фалькенек – Железнодорожная станция Шаффхаузен vb sh N77 Железнодорожная станция Шаффхаузен – Нойхаузен-на-Рейнфолле – Беринген – Гунтмадинген – Нойнкирх – Оберхаллау – Халлау – Вильхинген – Остерфинген – Тразадинген. Отправляясь из Шиффланде, по реке Рейн (Верхний Рейн) регулярно курсируют лодки до Штайн-на-Рейне и Кройцлинген (Боденское озеро), предлагаемый Schweizerische Schifffahrtsgesellschaft Untersee und Rhein (URh) в теплое время года.

Автомагистраль А4 соединяет Шаффхаузен с Цюрихом. Автомагистраль A4 продолжается на север до Донауэшингена/Зингена (Хоэнтвиль) в Германии. С 1996 года автомагистраль А4 проходит по туннелю в обход центра города. На автомагистрали А4 есть три близлежащих съезда: Schaffhausen Sud, Schaffhausen Nord и Schaffhausen Schweizersbild.

Хауптштрассе 13 соединяет Шаффхаузен с деревнями в западной части кантона (Клетгау) через туннель Гальгенбак, открывшийся в 2019 году, а также с деревнями вдоль реки Рейн к востоку от Шаффхаузена.

Из Цюриха в Шаффхаузен (Швейцария) можно заказать такси, тогда водитель встретит в аэропорту или заедет в отель. Стоимость трансфера около 200 – 250 франков.